神兽的捕捉地点分布广泛且需要特定条件触发。烈空坐位于131号航道的天空之柱顶层，需携带加速自行车快速通过塌陷处；固拉多和盖欧卡则需通过119号路的天气研究所触发剧情，分别在115号道路的陆之窟和125号航道的海之窟出现。三神柱的捕捉需要先在布告石室完成特定操作：将吼鲸王和古空棘鱼按首位和末位排列后调查石板，随后可分别在111号道路沙漠遗迹、105号航道小岛横穴及120号道路古代坟墓捕捉雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁。
其他版本的神兽捕捉同样具有规律性。口袋妖怪白金中，冥王龙需在反转世界深处捕获，而三圣菇则分布在英知湖、神事湖和律师湖的洞窟内。钻石版的神兽如迪亚鲁卡和帕鲁奇亚需在二周目殿元山顶分别找到钻石与珍珠后触发；阿尔宙斯则需要集齐三只空间神兽并通过魅影摩天楼考验后，在创世神殿用天界之笛召唤。心金魂银版本中，炎帝、雷皇在烧焦塔解封后随机出现，水君则按固定路线逃窜直至25号道路正辉家附近才会对战。
将目标血量压制至红色状态并施加睡眠或冰冻异常状态可显著提升捕获率，若没有大师球，时间球在战斗超过30回合后效果最佳。部分神兽如急冻鸟需解谜（如推石堵瀑布顺序为上→右→下→左），而三神柱系列则需完成石板互动或技能使用（如碎岩、闪光）。盖欧卡和固拉多的出现还需依赖天气研究所的NPC情报指引方位。
神兽的刷新机制往往与剧情进度挂钩。绿宝石的二周目可解锁更多神兽，如超梦需在石之洞窟获取破坏因子后前往120号道路沉寂之窟；漆黑的魅影5.0版本中，三周目梦世界需完成八个道馆挑战才能捕捉幻龙之塔的捷克罗姆。部分神兽如基拉祈需通过特殊道具（许愿星）触发，雪拉比则需在特定地点击败坂木后出现。
究极绿宝石5.0新增了属性克制策略提示，例如草/电系神兽建议用水系精灵应对；火红叶绿中超梦需在神之领域二周目剧情中捕获。而钻石版的阿尔宙斯和雪米则涉及复杂的BUG操作或事件礼物兑换，需谨慎尝试以避免存档损坏。
