别天神作为火影忍者中宇智波止水独有的最强幻术，其核心副作用体现在使用后的冷却时间上。根据设定，每次施展别天神后需要长达十几年的冷却时间才能再次使用，除非施术者拥有千手柱间级别的庞大查克拉才能缩短间隔。这种限制在实战中意味着该术实际上成为一次性技能，无法作为常规战斗手段频繁使用。游戏内还原了这一设定，玩家在释放别天神奥义后，该技能会进入极长的冷却周期，严重影响战斗节奏和连招连续性。
另一个显著副作用是施术条件的苛刻性。别天神需要通过万花筒写轮眼发动，而游戏设定中写轮眼类技能普遍存在瞳力消耗机制。持续使用会导致角色进入失明状态，这与原著中过度使用瞳术会导致视力衰退的设定相符。游戏内表现为释放别天神后会大幅消耗角色能量槽，并附加视力模糊的负面状态，持续时间内命中率下降30%。这种设计平衡了技能的强度，避免出现破坏游戏平衡的情况。
从战略层面看，别天神的控制效果虽然强大，但存在目标选择限制。游戏数据表明该技能对BOSS级敌人仅能产生50%效果持续时间，且无法影响拥有幻术抗性特性的单位。技能描述中永久改变意志的效果在游戏内被简化为中等时长的控制，这与平衡性调整有关。玩家需要注意这些隐藏机制，避免在关键战斗中过度依赖该技能而导致战术失误。
在手游火影忍者：忍者新世代中，别天神作为S级忍者的奥义技能，其释放需要消耗4点查克拉能量，这相当于普通技能的两倍消耗。同时根据战斗数携带该技能的忍者普遍存在防御属性偏低的问题，平均生命值比同等级忍者低15%左右。这种属性惩罚进一步增加了使用风险，玩家需要在输出和控制之间找到平衡点。
