舰船清洗是优化舰队配置的重要环节，主要通过拆除功能实现。玩家需进入指挥部界面的舰船选项，选择目标舰船后点击详情，即可找到拆除按钮。拆除后能回收舰船设计图和模组等资源，稀有度越高的舰船提供的资源越丰富。需拆除与出售不同，前者能获取模组和设计图，后者仅能获得普通资源，因此需根据当前需求权衡选择。
舰船清洗的核心目的是释放指挥值并回收关键资源。指挥值在游戏中是稀缺资源，尤其对中后期玩家而言，合理清理低效或冗余舰船能为高级舰船腾出空间。前期过渡用的FG300护卫舰或721仓储舰，在获得更强力舰船后可考虑拆除。拆除前需评估该舰船在当前战术体系中的价值，若其子型号或改造潜力较低，则优先纳入清洗名单。
清洗过程中需重点关注舰船的技术值分配情况。部分舰船即使基础性能一般，但若已投入大量技术值强化特定子系统（如刺水母的无人机模块或ST59的装甲系统），则需谨慎处理。建议优先保留技术值分配合理且符合当前战术需求的舰船，避免资源浪费。对于未强化的低级舰船，可直接拆除以快速回收基础材料。
高阶玩家还需结合舰船攻击序列和舰队编组逻辑进行清洗决策。纯输出型舰船若在编组中因攻击序列靠后而难以发挥作用，即使单体性能优秀也可能成为清洗对象。舰船维护设施的对接效果（如提升10%维修速度）也会影响清洗优先级，维修需求低的舰队可适当减少奶船数量。
根据回收的设计图类型，可针对性选择后续开发方向，如重炮阋神星或艾奥级离子炮巡洋舰等高质量舰船的研究链。动态调整清洗策略与科研计划，才能持续提升舰队整体战力。
