火影忍者忍者新时代的目标训练是游戏中的重要玩法之一，主要分为基础训练、进阶训练和实战训练三部分。基础训练包含目标选择、进攻站位、防御站位等模块，其中目标选择训练的核心在于击败敌方本体，分身会随之消失。例如目标选择1的过关方法为第二回合手动点选敌方5手鸣人本体释放卡卡西奥义即可通关。目标选择4则需要将小樱排在前排为佐助抵挡伤害，并在小樱濒死时使用奥义加血，随后佐助释放奥义配合连击完成通关。
目标训练5和6的机制更为复杂，需要利用勘九郎的奥义保护关键队友手鞠。具体操作为第一回合在敌方天天释放奥义前，手动点选手鞠释放勘九郎奥义生成保护傀儡，第二回合需精准把握手鞠奥义释放时机——过快会被宁次打断，过慢则触发敌方普攻。勘九郎的傀儡位置存在随机性，最佳情况是傀儡位于勘九郎身前，这能有效抵挡敌方伤害。此类训练考验玩家对技能时机和站位理解的深度。
进攻站位训练强调对本体机制的运用，例如进攻站位1仅需释放鸣人奥义击败本体即可。防御站位训练则注重伤害规避策略，防御站位3要求释放雏田奥义闪避小李攻击，利用反弹机制解决敌人。奥义顺序训练涉及查克拉管理和技能释放时序，如奥义顺序2需要在敌方出手前优先使用天天和志乃的奥义形成连招压制。这些训练模块共同构建了战斗系统的基础逻辑框架。
实战训练整合了前序模块的技巧，例如红莲之瞳训练需在第一回合用鹿丸奥义控制雷主，大蛇丸奥义压制三代火影。第二回合等待敌方宁次奥义后，立即用风主和大蛇丸的奥义集火三代，鹿丸补刀宁次。赤色岩拳训练则依赖土主奥义快速击杀水主，第二回合利用勘九郎和鸣人的奥义打断敌方关键技能，同时通过我爱罗的定身效果控制战场节奏。这些高阶训练要求玩家综合运用站位调整、技能打断和伤害计算能力。
忍者集训的难度曲线经过精心设计，从单一机制到复合系统的渐进式训练，使玩家能逐步掌握战斗精髓。完成全部37项基础训练平均需要2-3小时，其中目标选择6因时机判定严格成为通关率最低的环节。开发者通过120点体力上限和每日三次补给机制平衡训练强度，建议玩家分阶段攻克不同模块以提升效率。该系统最终服务于武斗祭、小队突袭等核心玩法，是战力提升的重要途径。
